Európa történetének és az egyház történelmének fájdalmas ténye az inkvizíció. Az egyház többször kijelentette, hogy elítéli az inkvizíció szemléletét, amely szerint a téves hitfelfogást valló eretnekeket saját üdvösségük érdekében erőszakkal, fenyegetéssel kell kényszeríteni a megtérésre. Ezért II. János Pál pápa 2000-ben bocsánatot kért az inkvizíció bűneiért is.
Az inkvizíció kérdése azonban csak a maga történelmi összefüggéseiben közelíthető meg.
A középkor, akárcsak a korábbi korok, egységes társadalomban gondolkozott. A római, majd a germán és frank jog szerint a társadalom ellen elkövethető legnagyobb vétek nem a hazaárulás vagy a kémkedés, hanem az állam egységes és működő világnézetével ellentétes tanok hirdetése volt, hiszen ez az állam és a társadalom alapjait rendítheti meg. A középkor keresztény államai átvették ezt a szemléletet: ez az inkvizíció alapja. E szemlélet az elmúlt két évezred zárt társadalmaiban általánosan elterjedtnek mondható, más népek körében is. (A protestáns államok – Angliát is beleértve – szintén éltek az inkvizícióéhoz hasonló módszerekkel a hit egyöntetűségének biztosítása érdekében.)
Az elmúlt évszázadok antiklerikális irodalma egyrészt eltúlozta az inkvizíció áldozatainak számát, s a forrásokkal igazolható tényeket saját céljainak megfelelően kiszínezte, másrészt egybemosta a középkori, a spanyol, és a római inkvizíció tevékenységét, és olyan ügyeket is a pápaság számlájára írt, amelyekhez annak nem sok köze volt (pl. az újkori boszorkányperek).