| 1501 | Az előző évben kinevezett pannonhalmi apát, Tolnai Máté a rendi káptalanon megkezdi a bencés rend reformját. |
| 1506 | Fegyverneky Ferenc (ipoly)sági és Majthényi Uriel túróci prépost vezetésével elindul a premontrei rend reformja. |
| 1513 | A pápaválasztó konklávén alulmaradt Bakócz Tamás esztergomi érseket az új pápa, X. Leó a török ellen szervezendő keresztes hadjárat bíboros-legátusává nevezi ki. |
| 1514 | A keresztesek toborzása vezet a Dózsa-féle parasztfelkeléshez, amelyben ferences szerzetesek is részt vesznek (Lőrinc pap). A helyzet elfajulása miatt Bakócz érsek betiltja a toborzás folytatását, a felkelést pedig rövidesen leverik. |
| 1514 | A parasztfelkelést követően, a budai országgyűlésen mutatja be Werbőczy István a Hármaskönyv (Tripartitum) címen ismert törvénygyűjteményét, amely szerint a pápa Magyarországon „a megüresedett egyházi javadalmak adományozása tekintetében semmi joghatóságot sem gyakorol, a megerősítés hatalmán kívül”. Werbőczy a főkegyúri jogot Szent István királynak II. Szilveszter pápától nyert felhatalmazásával és a konstanzi bullával indokolja. |
| 1514 | X. Leó pápa az addig független apátságokból létrehozza a magyar bencés kongregációt a pannonhalmi főapát vezetése alatt. |
| 1516-1519 | Keletkezik a Biblia egyes részeinek magyar fordítását tartalmazó Jordánszky-kódex. |
| 1521 után | Jelennek meg a lutheri reformáció eszméi Magyarországon a királyi udvarban, Mária királyné környezetében, illetve a német lakosságú városokban, először Sopronban (1522) és Brassóban (1523). Az 1523. és 1525. évi „eretnekellenes” törvények hatástalanok maradnak. |
| 1524-1527 | Készül el a Karthauzi Névtelen magyar nyelvű prédikációs gyűjteménye. |
| 1526 | A mohácsi vereség súlyos csapást mér a magyar főpapságra, a püspökök fele holtan marad a csatatéren. A kettős királyválasztást követő politikai bizonytalanság oda vezet, hogy 1538-ra már csak három, pápai megerősítéssel is rendelkező és felszentelt püspök marad az országban. |
| 1530-1540 | A lutheri reformáció eszméi gyors ütemben terjednek el az országban, részint a nagybirtokosok támogatásával, részint a mezővárosokban. Az első reformátori nemzedék nagy alakjai Dévai Bíró Mátyás, Sztárai Mihály, Szegedi Kis István, Huszár Gál. A becslések szerint a század végére a lakosság fele (vagy többsége), a nemességnek és a polgárságnak pedig 90 %-a protestáns. |
| 1538 | Szapolyai János király (1526-1540) parancsára zajlik a segesvári hitvita a katolikus Szegedi Gergely ferences és a lutheránus Szántai István között. |
| 1543 | Buda török kézre kerülése (1541) után Esztergom is elesik, ezért az esztergomi főkáptalan Nagyszombatba költözik (1820-ig a város az érsekség központja). |
| 1541 | Megjelenik Sylvester János Újszövetség-fordítása. |
| 1544 | Johannes Honterus brassói lelkész működése nyomán az erdélyi szász nemzet egységesen az evangélikus (lutheránus) hitvalláshoz csatlakozik. |
| 1545 | Az erdődi zsinaton a Tiszántúl lelkészei elfogadják az evangélikus hitvallást. |
| 1545-1563 | A katolikus megújulást célzó Trienti Zsinat egyes ülésszakain magyarországi főpapok is részt vesznek (Gregoriánc Pál zágrábi, Draskovics György pécsi, Dudith András tinini, Kolozsvári János csanádi püspök). |
| 1548 | A pozsonyi országgyűlés csak a sacramentariusok (reformátusok) kiűzését rendeli el, vagyis az evangélikusok hallgatólagosan megtűrt felekezetté válnak. |
| 1549 | Öt szabad királyi város elfogadja a reformáció első magyarországi (evangélikus) hitvallását, amit Leonhard Stöckel bártfai rektor szerkeszt (Confessio Pentapolitana). |
| 1550 után | Kálmáncsehi Sánta Márton tevékenysége nyomán a tiszántúli magyar gyülekezetekben teret nyer a reformáció helvét (református) irányzata. |
| 1551 | I. Ferdinánd király (1526-1564) katonái az alvinci kastélyban meggyilkolják (Martinuzzi/Utyesenics) Fráter György pálos szerzetest, 1534-tól váradi püspököt, 1551-ben esztergomi érseket és bíborost. A katolikus érdekek megvédelmezése terén nagy reményeket fűztek személyéhez. |
| 1553-1568 | A jeles humanista, Oláh Miklós esztergomi érsek jelentős lépéseket tesz a katolikus restauráció érdekében. 1559-ben birtokairól kiűzi a protestáns lelkészeket és tanítókat, öt ízben tart egyházmegyei zsinatot, 1559-1562 között kánoni vizitációt rendel el az érsekség területén. 1562-ben kiadatja magyarul a Canisius-féle katolikus katekizmust. |
| 1561 | Oláh Miklós érsek letelepíti a jezsuitákat Nagyszombatban (1567-ben távoznak). |
| 1561 | Méliusz Juhász Péter debreceni lelkész kidolgozza az első magyarországi kálvinista (református) hitvallást (Debrecen-Egervölgyi Hitvallás). |
| 1566 | Oláh Miklós érsek a Trienti Zsinat határozata alapján szemináriumot alapít Nagyszombatban, ami azonban rövidesen megszűnik. Egy újabb kísérlet után 1630-ban Pázmány Péter alapítja újjá (Seminarium antiquissimum). |
| 1566 | A gyulafehérvári hitvita lendületet ad az antitrinitarizmus (unitarizmus) erdélyi terjedésének, amit János Zsigmond fejedelem (1559-1571) is támogat. 1568-ban szerkeszti meg Dávid Ferenc az unitárius hitvallást. |
| 1567 | Pünkösdjén a csíki székelyek a hargitai csatában megvédik katolikus hitüket és Csíksomlyót János Zsigmonddal szemben. |
| 1567 | A debreceni zsinaton a Tiszántúl lelkészei megalkotják a református egyházszervezetet. |
| 1568 | A tordai országgyűlés a már korábban megerősített evangélikus és református felekezet mellett Erdélyben szabad vallásgyakorlatot engedélyez az unitáriusoknak is. A vallásszabadság azonban nem terjed ki a katolikusokra és az ortodoxokra. A katolikus püspököt már 1556-ban elűzték, a román ortodoxokat pedig egy református püspök fennhatósága alá helyezik. |
| 1573 | Verancsics Antal esztergomi érsek halála után a javadalom királyi felhasználása miatt 1596-ig nem töltik be a prímási széket. |
| 1575 | Után a Hódoltságban, ahol a katolikus egyházszervezetnek csak nyomai maradtak (szegedi és gyöngyösi ferences kolostor), kezdetét veszi a missziós tevékenység a Balkán felől, elsősorban a boszniai ferencesek részéről (rajtuk kívül raguzai bencések és világi papok, valamint jezsuiták vállalkoznak misszióra). |
| 1576 | A hercegszőllősi zsinaton Szegedi Kis István működése nyomán a Hódoltságban is a kálvini (református) irányzat kerekedik felül. |
| 1578 | A Királyság országgyűlése már csak az unitáriusok és az anabaptisták ellen rendelkezik, vagyis a reformátusok is hallgatólagosan megtűrt felekezetté válnak. |
| 1578 | Nagyszombatban megkezdi működését a katolikus restauráció szempontjából kulcsfontosságú nyomda, Telegdi Miklós érseki helynök alapítása. Feladatát 1609-1617 között a pozsonyi, majd 1648-tól a nagyszombati egyetemi nyomda veszi át. |
| 1579 | Szántó (Arator) István jezsuita Rómában magyarországi papnövendékek számára létrehozza a magyar kollégiumot, amit anyagi nehézségek miatt rövidesen egyesítenek a német kollégiummal (Collegium Germanicum et Hungaricum). |
| 1579 | A katolikus Báthory István erdélyi fejedelem (1571-1586) és lengyel király átadja a jezsuitáknak a kolozsmonostori bencés apátság javadalmát. Kollégiumuk 1581-1588 és 1595-1606 között Kolozsváron működik. 1582-1588 között pápai szemináriumot is vezetnek a városban. |
| 1589 | A jezsuiták ismét letelepednek a Királyság területén, Znióváralján, majd 1594-ben Vágsellyén. |
| 1590 | Vizsolyon kinyomtatják a Károli Gáspár gönci lelkész által készített teljes református bibliafordítást. |
